AQUACULTURE BIOINFORMATIC

TUGAS UJIAN AKHIR SEMESTER TEKNOLOGI INFORMASI 2012

DOSEN : Ristiawan AN, SPi

JURNAL :

untuk selengkapnya bisa di klik disini. selamat membaca 

Resume Jurnal :

IDENTIFIKASI DAN ANALISIS TRANSKRIPTOME KEKEBALAN TERKAIT DI ASIA SEABASS LATES CALCALIFER

             Di dalam jurnal ini di bahas mengenai ikan penyakit yang disebabkan oleh patogen yang membatasi produksi dan perdagangan, yang mempengaruhi perekonomian yang dihasilkan oleh akuakultur. Untuk identifikasi gen terkait dengan kekebalan di Asia Seabass Lates calcalifer, sebuah spesies food fish yang penting dilaut yang disuntikkan dengan bakteri lipopolisakarida (LPS), sebuah elicitor umum yang digunakan tanggapan kekebalan bawaan untuk 8 individu pada usia 35 hari pasca menetas dan menerapkan hibridisasi penekanan (SSH) untuk selektif memperkuat substraktif limpa cDNA dari gen diferensial .

               Hasil yang didapat : 

Sequencing dan analisis bioinformatika dari 3351 EST dari 2 perpustakaan SSH 1692 menghasilkan transkrip yang unik. Dari 168 transkrip gen yang tidak diketahui dan 1074 sisanya sama dengan 743 dan 105 gen yang dikenal urutan mRNA unannotated tersedia didatabase publik dan dan sebanyak 161 transkrip diklasifikasikan ke respon terhadap stimulus, serta 115 untuk memproses sistem kekebalan.

       Keberhasilan pertahan terhadap infeksi patogen tergantung pada kemampuan untuk mendeteksi keberadaan patogen menyerang Ikan Teleost memiliki unsur-unsur dari kedua sistem pertahanan bawaan dan sistem imun spesifik yang diperoleh, namun sistem imun adaptif pada ikan kurang berkembang dibandingkan dengan vertebrata tingkat tinggi. Oleh karena itu sistem kekebalan tubuh bawaan yang cukup penting dalam ikan dan diyakini menjadi baris pertama pertahanan tuan rumah dalam menentang organisme patogen atau bahan asing lainnya.

          Dalam akuakultur, data dasar tentang ikan patogen interaksi telah efektif diterapkan untuk vaksinasi skala besar untuk membantu dalam generasi respon imun yang kuat dan tahan lama. Persyaratan untuk mengembangkan vaksin adalah pemahaman epidemiologi penyakit dasar dan sistem kekebalan tubuh dari spesies target dan mengidentifikasi gen dan jalur yang terlibat dalam respon transkrip ikan terhadap infeksi.

         
         EST juga membentuk dasar untuk desain microarray berikutnya, deteksi SNP dan penempatan penanda baru pada peta hubungan genetik. Saat ini EST yang tersedia dari sejumlah besar spesies ikan, seperti  Seabass Eropa, Halibut, Salmon dan Lele yang memungkinkan identifikasi kekebalan terkait gen dalam spesies ini. EST menggunakan alai bioinformatic untuk memungkinkan identifikasi gen yang hanya kesamaan urutan berbagi dengan kekebalan terkait dengan protein dan organisme lain.

         
        Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan menganalisis respon kekebalan gen dalam Seabass Asia oleh individu menentand dengan LPS, teknologi SSH, dan alat bioinformatic. Seabass Asia menunjukkan respon kekebalan yang kuat terhadap bakteri berdasarkan aktivitas antibodi dan serum, interaksi patogen selama infeksi dengan mikroorganisme patogen yang tersedia untuk spesies ini. 

             Kesimpulan :

Penelitian ini mengidentidfikasi 1692 transkrip yang unik pada LPS untuk pertama kalinya di Asia Seabass dengan menggunakan SSH, sequencing, dan bioinformatic. Beberapa transkrip di identifikasi adalah homolog vertebrata dan yang lainnya sampai sekarang menjadi protein pertahanan putatif. kekebalan tubuh ang berhubungan dengan gen yang diperoleh untuk pemahaman yang lebih baik terhadap kekebalan di Seabass Asia, dengan melakukan fungsional analisis fungsional rinci gen ini dan mengembangkan strategi untuk perlindungan kekebalan yang efisien terhadap infeksi pada Seabass Asia.

Nama  : Grace Marchelly Hutabarat

Nim     : 26010210120024

Prodi   : BDP

Bioinformasi Dalam Budidaya Perairan

Hai..hai..
kali ini qu pengen berbagai informasi mengenai Bioinformasi Dalam Budidaya Perairan..
SeLamat MembaCa...

Jurnal nya dapat dilihat disni :

http://www.bbrp2b.kkp.go.id/publikasi/prosiding/2008/brawijaya/17.%20STUDI%20BIOINFORMATIKA%20MIKROBA%20Streptomyces%20PENYANDI%20GEN%20TGase.pdf

Resume Jurnal :

  

        Studi bioinformatika telah digunakan untuk membuat primer degeratif gen penyadi enzim transglutaminase (TGase). Komputer sudah lama digunakan untuk menganalisa data biologi dan kimia misalnya terhadap data kristalografi sinar x dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan penghitungan Transformasi Fourier dan sebagainya dan bidadng ini disebut dengan Biologi Komputasi.

Ledakan informasi dari kemjuan bioteknologi seperti data sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan struktur protein sampai kepada data transkripsi RNA berkat teknologi DNA chip, telah mendorong lahirnya Bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisir dan menganalisa data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna.

 

           Jurnal ini memaparkan studi bioinformatika pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyadi gen transglutaminase. Transglutaminase (protein-glutamin- glutamiltransferase merupakan sekelompok enzim yang mengkatalisis reaksi transferasil antara kelompok karboksiamida residu glutamine didalam rantai peptide dan sekelompok amino dalam residu lisin menghasilkan pembentuk glutamin lisin 

            Pada penelitian ini Jenis mikroba yang digunakan yaitu mikroba sumber gen dan mikroba inang. Mikroba sumber gen adalah mikroba hasil pencarian melalui studi bioinformatika, yaitu bakteri kelompok Streptomyces dan kelompok Streptoverticillium, sedangkan yang akan digunakan untuk sel inang adalah Escherichia coli yang merupakan mikroba non patogen yang sudah dikomersialkan sehingga penanganannya relative lebih mudah untuk ekspresi protein. Sedangkan software yang digunakan yaitu :

1.      Gen Bank Data Base dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk mencari mikroba sumber gen;

2.     Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dari NCBI untuk studi kemiripan dan homologi sekuens gen;

3.      CLC free Workbench 3 untuk melihat sekuens gen secara keseluruhan,

4.     Clustal W dari BioEdit versi 7.0.4.1 untuk alignment sekuens gen;

5.     Genomics Expression versi 1.100 untuk pembuatan desain primer;

6.     fastPCR versi 5.0.214 untuk pengujian desain primer secara 

   Gen transglutaminase dari Streptomyces mobaraense memiliki kandungan GC yang cukup baik yaitu untuk primer forward sebesar 60% dan primer reverse sebesar 55%. Adapun susunannya yaitu:

Primer forward = PTGase 4 5’- CCG AGA CGG TCG TCA ACA AC-3’

Primer reverse = PTGase 4 5’- CGA ACC AGC CGT AGT CGA AA-3’

Kesimpulan nya :

Berdasarkan homologi dari sekuen DNA dan protein, telah didapat primer forward dan primer reserve yang sesuai untuk mengekspresikan gen yang memproduksi enzim Transglutaminase.

                                                                                                                           Nama : Grace M Hutabarat

                                                                                                                           Nim    : 26010210120024

                                                                                                                           Prodi  : BDP