Bioinformasi Dalam Budidaya Perairan

Hai..hai..
kali ini qu pengen berbagai informasi mengenai Bioinformasi Dalam Budidaya Perairan..
SeLamat MembaCa...

Jurnal nya dapat dilihat disni :

http://www.bbrp2b.kkp.go.id/publikasi/prosiding/2008/brawijaya/17.%20STUDI%20BIOINFORMATIKA%20MIKROBA%20Streptomyces%20PENYANDI%20GEN%20TGase.pdf

Resume Jurnal :

  

        Studi bioinformatika telah digunakan untuk membuat primer degeratif gen penyadi enzim transglutaminase (TGase). Komputer sudah lama digunakan untuk menganalisa data biologi dan kimia misalnya terhadap data kristalografi sinar x dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan penghitungan Transformasi Fourier dan sebagainya dan bidadng ini disebut dengan Biologi Komputasi.

Ledakan informasi dari kemjuan bioteknologi seperti data sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan struktur protein sampai kepada data transkripsi RNA berkat teknologi DNA chip, telah mendorong lahirnya Bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisir dan menganalisa data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna.

 

           Jurnal ini memaparkan studi bioinformatika pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyadi gen transglutaminase. Transglutaminase (protein-glutamin- glutamiltransferase merupakan sekelompok enzim yang mengkatalisis reaksi transferasil antara kelompok karboksiamida residu glutamine didalam rantai peptide dan sekelompok amino dalam residu lisin menghasilkan pembentuk glutamin lisin 

            Pada penelitian ini Jenis mikroba yang digunakan yaitu mikroba sumber gen dan mikroba inang. Mikroba sumber gen adalah mikroba hasil pencarian melalui studi bioinformatika, yaitu bakteri kelompok Streptomyces dan kelompok Streptoverticillium, sedangkan yang akan digunakan untuk sel inang adalah Escherichia coli yang merupakan mikroba non patogen yang sudah dikomersialkan sehingga penanganannya relative lebih mudah untuk ekspresi protein. Sedangkan software yang digunakan yaitu :

1.      Gen Bank Data Base dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk mencari mikroba sumber gen;

2.     Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dari NCBI untuk studi kemiripan dan homologi sekuens gen;

3.      CLC free Workbench 3 untuk melihat sekuens gen secara keseluruhan,

4.     Clustal W dari BioEdit versi 7.0.4.1 untuk alignment sekuens gen;

5.     Genomics Expression versi 1.100 untuk pembuatan desain primer;

6.     fastPCR versi 5.0.214 untuk pengujian desain primer secara 

   Gen transglutaminase dari Streptomyces mobaraense memiliki kandungan GC yang cukup baik yaitu untuk primer forward sebesar 60% dan primer reverse sebesar 55%. Adapun susunannya yaitu:

Primer forward = PTGase 4 5’- CCG AGA CGG TCG TCA ACA AC-3’

Primer reverse = PTGase 4 5’- CGA ACC AGC CGT AGT CGA AA-3’

Kesimpulan nya :

Berdasarkan homologi dari sekuen DNA dan protein, telah didapat primer forward dan primer reserve yang sesuai untuk mengekspresikan gen yang memproduksi enzim Transglutaminase.

                                                                                                                           Nama : Grace M Hutabarat

                                                                                                                           Nim    : 26010210120024

                                                                                                                           Prodi  : BDP